Со формирање на Медицинскиот Факултет во Скопје во 1947 година формирани се и првите клиники и институти, меѓу кои и Клиниката за Инфективни болести. Клиниката е единствена која спроведува терцијарна здравствена заштита за инфективните заболувања во Република Македонија.
Со добивањето на статус на Клиника, за прв управител во 1954 година е поставен д-р Ристо Брезјанин, по кого следи проф. д-р Димитар Арсов. Во 1960 година функцијата управител ја превзема проф. д-р Саве Миронски, кој во 1968 година е назначен за прв директор на Клиниката. По него функцијата ја превзема прим. д-р Асен Шајн, а во 1982 година за директор е назначена проф. д-р Бојана Груневска. Во 1987 година функцијата директор ја носи проф. д-р Димитар Димитриев се до 1999 година, кога во периодот од 1999 до 2002 е назначен д-р спец. Вело Марковски. Од декември 2003 година до 2005 година на чело на Клиниката е повторно проф. д-р Димитар Димитриев. Во март 2005 година за директор е назначена доц. д-р Виолета Груневска до октомври 2005 година. Од ноември 2005 година до август 2017 година директор на Клиниката беше проф. д-р Звонко Миленковиќ.

Покрај спомнатите управители и директори, во аналите на Клиниката остануваат впишани имињата на лекарите кои работеле и оставиле свој печат:

д-р Н. Треневски, д-р Н. Неделковска, д-р И. Трајков, д-р М. Михов, д-р О. Стојанова, д-р Л. Кировски, д-р Т. Орушев, д-р Р.Субановиќ, д-р М. Георгиева, д-р Е. Ѓуркова, д-р В. Василев, д-р Е. Ангелова, д-р Ј. Ангеловска.